设定在 2040 年，也就是一代事件发生 40 年后。在 Cydonia 的外星人大脑被摧毁后，一个发射器仍然活跃在那里，唤醒了一群在地球海底沉睡了数百万年的外星人。醒来后，外星人开始恐吓海船和港口城市，绑架人类对他们进行奇怪的基因实验。在第一次外星人战争后解散的 X-COM 被地球政府复活，以对抗这种新的威胁，因为外星人的最终目标是唤醒他们的最高领袖，一个一旦复活就无法阻止的存在。 就像一代一样，游戏由两部分组成。 第一个是基于实时的地球的全球视图，玩家可以在其中查看外星人和 X-COM 工艺和基地，可以雇佣和解雇员工，买卖车辆、武器、弹药和物品，以及建造和扩展基地 . 第二部分，战斗，用于外星人和人类小队之间的战斗，从等角视图采用回合制战斗的形式。一代游戏中的所有外星技术都无法在盐水中使用，这迫使玩家捕捉和开发新技术。