《銀河飛將：秘密行動》的故事發生在《銀河飛將：神諭》中發生的外星人戰爭之後。 超級航空母艦中途島最優秀的飛行員被指派護航聯邦第一艘「快速打擊」突擊巡洋艦：TCS Cerberus。 人類聯邦AI情報系統（TCIS）已指定塞伯魯斯在外國系統中執行「深度掩護」任務。 她的具體能力仍然是最高機密。 但是，對於來自中途島的王牌飛行員來說，索爾和織女星區正在醞釀騷亂，基拉希空間（現在散佈著外星人戰艦殘骸）是掠奪的溫床。人所皆知，真正的戰爭才剛開始。